Sindsdien streeft de (natuur)wetenschap alleen nog - aldus de kritiek - naar opname van de feiten in haar eigen voorgevormde kader, en niet meer naar waarheidsvinding. Het naturalisme wil immers alleen natuurlijke oorzaken voor verschijnselen aanvaarden en sluit andere uit. Het komt voort uit de methodische oogkleppen die in de natuurwetenschap gewoonlijk functioneel zijn, behalve op plaatsen waar de natuur raakt aan niet-natuurlijke werkelijkheden. De vraag of die bestaan of niet, doet niet meer terzake, omdat vooraf de vraag zelf al buiten de orde is verklaard. Hoezo, 'objectieve' wetenschap?

Als die oorzaken echter tóch bestaan (want waarom zouden die zich iets van 'de wetenschap' aantrekken?), vormen het ontstaan van het leven, en het leven zelf, bij uitstek de plaatsen, die door deze oogkleppen onzichtbaar worden gemaakt en heeft de wetenschap zichzelf in een staat van permanente verwarring gebracht. Intelligent Design (ID), de dissidente wetenschappelijke tegenbeweging, wil deze plaatsen in potentie weer zichtbaar maken, zodat complete wetenschappelijke waarheidsvinding (hoe zit het écht in elkaar?) weer mogelijk wordt. Het standaardvoorbeeld is het DNA. Dat maakt voor de overdracht van erfelijke informatie gebruik van een complexe symbolische taal. Voor het ontstaan van een dergelijke taal kent de menselijke ervaring geen andere oorsprong dan intelligentie. Onderzoek dat ervan uit gaat dat dus ook wel eens bij het DNA het geval zou kunnen zijn, stuit echter op de heftige reactie van het geïnterioriseerde naturalisme. Het wetenschappelijk denken laat zich zo bepalen door een ideologisch bepaalde reflex.

Alvin Plantinga is een toonaangevend filosoof, die niet bij ID hoort, hoewel zijn kritische benadering van de evolutietheorie hem daar wel bij in de buurt brengt. Hij is van Nederlandse calvinistische afkomst. In zijn nieuwe boek Where the Conflict Really Lies: Science, Religion and Naturalism, dat gunstig ontvangen is, argumenteert Plantinga dat onder een oppervlakkig conflict een wezenlijke harmonie schuil gaat tussen de moderne wetenschap en de grote godsdiensten (christendom, jodendom, islam), terwijl oppervlakkige overeenstemming een wezenlijke strijdigheid toedekt tussen de (echte) wetenschap en het naturalisme. Dat laatste weigert immers zich volledig open te stellen voor alle (mogelijke) waarheid.

Wat is nu dat diepe conflict tussen naturalisme en wetenschap?, vraagt Plantinga zich in een recente internetcolumn over zijn nieuwe boek af. Hij begint met zijn definities scherp te stellen: "Ten eerste vat ik naturalisme op als het geloof dat er niemand als God of zoiets als God bestaat. Anderen gebruiken die term op andere manieren, ik gebruik die zo. Ten tweede ga ik ervan uit dat naturalisme een materialisme behelst met betrekking tot menselijke wezens: als je materialist bent, ga je ervan uit dat mensen materiële objecten zijn. Ze hebben geen onstoffelijk zelf of ziel of ego; ze bestaan door en door uit enkel vlees en bloed, en botten. Van dit geloof – naturalisme zo opgevat dat het materialisme insluit – zeg ik dat het strijdig is met wetenschap."

Voor een volledige uitleg verwijst Plantinga naar zijn boek. Maar hij geeft wel een samenvatting van zijn redeneerwijze. "De plaats om te beginnen", aldus Plantinga, "is dat het evolutie en natuurlijke selectie geen fluit interesseert wat jij gelooft. Evolutie beloont aanpassend gedrag en straft niet-aanpassend gedrag, maar zij is volledig onverschillig ten aanzien van de inhoud van wat je gelooft. Je mag verwachten dat zij een neurofysiologie bevordert die aanpassend gedrag in de hand werkt, maar zij heeft als zodanig geen enkele belang bij kloppende geloofsinformatie. En dit suggereert een soort scepsis; het suggereert dat menselijke kennisvermogens niet betrouwbaar zijn, dat zij geen gepast overwicht voortbrengt van waar geloof op vals geloof. Als het naturalisme waar is, en onze kennisvermogens zijn ontstaan door natuurlijke selectie, dan lijkt het toch waarschijnlijk dat onze kennisvermogens niet bijzonder betrouwbaar zijn."

En dus ook wetenschap niet. En dus weerlegt het naturalisme in zekere zin zichzelf al. "Mijn gedachte is niet oorspronkelijk", geeft Plantinga toe. Nietzsche zag het al in: "Alleen wanneer we een God aannemen die moreel op ons lijkt, kunnen 'waarheid' en de zoektocht naar waarheid überhaupt iets betekenis- en succesvols zijn. Wanneer je deze God terzijde schuift, is de vraag geoorloofd of bedrogen worden niet een van de onvermijdelijkheden van het leven is." In dat geval is het dus ook geen moreel probleem meer.

Interessant is dat Plantinga ook Darwin zelf citeert. De vader (de 'ontdekker' zeggen zijn volgelingen) van de evolutietheorie zag de ernst van dit punt in: "Altijd weer komt bij mij de huiveringwekkende twijfel op of de overtuigingen van de menselijke geest, die is ontwikkeld uit de geest van lagere dieren, wel enige waarde heeft of ook maar enige betrouwbaarheid. Zou iemand vertrouwen stellen in de overtuigingen van een apengeest, als in zo'n geest al enige overtuigingen zijn?", aldus Darwin.

Plantinga keert die gedachte om: als mijn geloof in de geest van anderen wel rationeel is, dan is mijn geloof in God dat ook, aldus de filosoof.